El jueves día 16 de mayo de 1946 se celebró en la iglesia parroquial de San Bartolomé la reunión fundacional de la que desde entonces, por el carácter de sus componentes, habría de ser conocida como la Cofradía de los Estudiantes de Jaén, adoptándose par la misma el título de Cofradía del Santísimo Cristo de las Misericordias y Nuestra Señora de las Lágrimas. Ese mismo año, el día 15 de diciembre, quedaba canónicamente erigida en la Iglesia de San Bartolomé, al sancionar sus Estatutos el Obispo de la Diócesis, doctor D. Rafael García y García de Castro. En los mismos se establecía que la Estación de Penitencia anual tendría lugar cada Lunes Santo desde el Real Monasterio de Santa Clara, de donde realizó su primera salida procesional el día 31 de marzo de 1947.
Un año más tarde, el 17 de abril de 1947, se llevó a cabo una reforma de Estatutos promovida por la Comunidad Clarisa mediante la que se fijaba la sede canónica en el Real Monasterio de Santa Clara, donde ha permanecido hasta la reforma de 1991.
lo largo de sus sesenta y dos años de existencia, la cofradía ha realizado su Estación de Penitencia desde diversos templos de la ciudad, una vez que en 1960 hubo de abandonar físicamente el Monasterio de Santa Clara por incompatibilidad entre las medidas de las nuevas canastillas de los pasos y la puerta del cenobio, imposible de modificar, como hubiera sido deseo de la cofradía, según queda reflejado en el Libro de Actas de la misma.
Esta condición nómada llevó a la cofradía a continuar su vida comunitaria en el Real Monasterio de Santa Clara, pero a salir en 1960 y 1961 del entonces convento de La Merced, y en 1962, 1963 y 1965 de la Santa Iglesia Catedral, siempre con carácter excepcional. En 1964 salió por primera vez desde la nueva Iglesia Parroquial de Nuestra Señora de Belén y San Roque, donde se asentaría dos años más tarde y por un periodo de catorce.
Una nueva incompatibilidad, esta vez de carácter urbanístico, pues la procesión había de discurrir en parte de su recorrido de regreso a la Iglesia por una carretera general cada día más colapsada de tráfico, que impedía el recogimiento y devoción propias de la manifestación pública que se realizaba, aconsejó a la Junta de Gobierno promover un nuevo traslado, que en 1980 supuso el asentamiento de la cofradía en la Iglesia Parroquial de Nuestra Señora de la Merced, donde continúa.
Como venerado titular fue elegido el dulcísimo Cristo de las Misericordias, también conocido como Cristo del Bambú, propiedad de la Comunidad Clarisa, que se veneraba en el coro alto del Real Monasterio, al que regresó en 1941 tras haber sido expoliado durante la guerra civil y posteriormente recuperado en el Monasterio de Pedralves. Se trata de una talla fechable entre los años 1570 y 1575, de autor desconocido, pero atribuida por los especialistas a la gubia del escultor Juan Bautista Vázquez, el Viejo, natural de la localidad salmantina de Pelayos, si bien afincado desde 1560 en Sevilla, donde pudo haber sido encargada la talla. Estilísticamente es una imagen realizada a caballo entre el final del Renacimiento y el inicio del Barroco andaluz, que sobrecoge e incita a la devoción por su extraordinaria dulzura. Ha sido restaurado en tres ocasiones conocidas: una en 1947 por el imaginero cordobés Juan Martínez Cerrillo, otra en 1979 en Córdoba por Miguel Arjona Navarro, y una tercera, en 1998 en el interior del monasterio, por María José López de la Casa.
El sobrenombre de Cristo del Bambú no tiene origen cierto y se atribuye a tres causas distintas, la primera de las cuales, alusiva al tipo de madera en que está confeccionada la imagen es rotundamente falsa. Las otras dos hacen referencia a las marcas de latigazos que presenta la policromía de la talla, similar a golpes de caña, según el gusto artístico sevillano de la época, y a la decoración que, para cultos antiguos, se colocaba en la Cruz o junto a ella, a base de cañas de bambú.
El Santísimo Cristo recibe culto durante todo el año en el Real Monasterio de Santa Clara, desde donde es trasladado a la Iglesia Parroquial de La Merced en público y devoto Via Crucis organizado por la cofradía en los días próximos al Lunes Santo.
La imagen de candelero de Nuestra Señora de las Lágrimas es obra del imaginero Juan Martínez Cerrillo, que la labró entre 1936 y 1938 para la hermandad cordobesa del Calvario, en la que se mantuvo como titular hasta 1945, bajo la advocación de Nuestra Señora del Mayor Dolor y Esperanza. En 1947 fue adquirida por la Cofradía de los Estudiantes de Jaén a su autor, que había recuperado su posesión, en la cantidad de tres mil pesetas. Desde ese mismo año es titular de la cofradía, en sustitución de la Dolorosa prestada por la Condesa de Fuenrubia para la primera Estación Penitencial. La imagen fue restaurada en 1985 por su autor, y en 1995 en Córdoba por el imaginero Antonio Bernal Redondo.
Desde 1948 hasta 1975, con algunas lagunas temporales, la cofradía incorporó a su Estación de Penitencia una imagen de María Magdalena, que le fue cedida por la Congregación del Santo Sepulcro, a cuyo dominio volvió tras el traslado de la Cofradía a la Iglesia Parroquial de la Merced. Se trata de una talla completa, en madera policromada, dorada y estofada, realizada en un taller valenciano en 1928.
En el año 2001, la Congregación de Misioneros Hijos del Inmaculado Corazón de María (Claretianos), después de más de un siglo de permanencia en nuestra capital, ponía fin a su fructífera labor sacerdotal desarrollada desde la Parroquia de Ntra. Sra. de la Merced, sede canónica de nuestra Hermandad. La cofradía, que desde el año 1980 compartió con ellos hasta su marcha dos décadas de convivencia y colaboración, reconoce a la comunidad claretiana su grandísima actividad misionera, apostólica y evangelizadora puesta al servicio espiritual del pueblo cristiano de Jaén, en general, y al de la Hermandad en particular.