Fue construida en 1580, sobre la antigua ermita de San Sebastián y estuvo ocupado por la Orden de la Merced, que se encontraba en la ciudad desde su reconquista en 1288, hasta el siglo XIX, cuando son obligados a marcharse a causa de las desamortizaciones. La iglesia se construyó tiempo después, a principios del siglo XVIII siendo bendecida el 23 de enero de 1727.

En 1885, se instala una nueva comunidad, los claretianos. El 20 de julio de 1936, durante la Guerra Civil, el convento fue asaltado por unos milicianos que asesinaron a cinco religiosos y convirtiendo el convento en asilo de refugiados de guerra. En el 1970, la iglesia es nombrada parroquia con el nombre de Nuestra Señora de la Merced.

En la actualidad, además de ser nuestra sede canónica, también lo es de la cofradía de la Virgen de la Cabeza. En el pasado residieron en está iglesia las cofradías de Nuestro padre Jesús, del Santo Sepulcro, del Cristo de la Buena Muerte y del Cristo de la Expiración.